El 11 de septiembre de 1541 marcó el inicio del conflicto bélico que sería el más largo que presenciaría el suelo chileno: La Guerra de Arauco. Un grupo mapuche, encabezado por el toqui Michimalonco, organizó un violento ataque contra la recién fundada ciudad de Santiago. Pedro de Valdivia regresa desde Perú en 1549 en calidad de Gobernador del Reyno de Chile con el mandato de iniciar la conquista de aquellas anheladas y fértiles regiones al sur del río Bio Bío: la Araucanía.

Entre tanto, el toqui Michimalonco, uno de los más aguerridos defensores del territorio, desistió en su empeño de luchar contra los conquistadores y optó por buscar un acuerdo que les permitiera vivir en paz con los españoles. Reunió a sus antiguos compañeros de armas y les conminó a deponerlas, ya que al fin, “sabemos que cuanto son de bravos y valientes en la guerra, son de mansos y afables en la paz”. Se reencontró con el gobernador Pedro de Valdivia, ofreciéndole sus servicios y su afán pacificador entre los suyos, oferta que Valdivia aceptó siempre y cuando el pueblo araucano no opusiese resistencia a la acción evangelizadora de los misioneros, se sometiera al régimen de las encomiendas y contribuyera con mano de obra a la explotación de las minas de oro y otras labores. Aceptando el toqui mapuche las condiciones de la negociación, se sella el compromiso de colaboración en 1550, cuando Valdivia llega hasta la región del Bio Bío al frente de doscientos españoles y de un cuerpo de indígenas auxiliares al mando de Michimalonco, su nuevo aliado. Asestan un duro golpe a los nativos en la batalla de Andalién. Fue lo que propició la fundación de la ciudad de La Concepción, en la bahía del mismo nombre, necesario puerto de mar que permitiría descargar los primeros cañones y embarcar el producto de las explotaciones mineras y agrícolas que estaban a pleno rendimiento [oro, plata, cáñamo, frutas, maíz, papa, trigo, etc.] En 1553, Valdivia parecía haber conquistado la Araucanía y el dominio del resto del territorio parecía cuestión de tiempo.

Sin embargo, las cosas terminarían mal. La excesiva dispersión de sus fuerzas por aquellos vastos y desconocidos territorios había debilitado sus posiciones estratégicas, ocasión que los mapuche no desperdiciaron. Reagrupándose bajo el mando de Lautaro, atacaron el fuerte de Tucapel dando muerte al gobernador. Poco después fue muerto el toqui Michimalonco a manos de los españoles.